به گزارش پایگاه اطلاع‌رسانی دفتر مقام معظم رهبری، متن پیام رهبر انقلاب اسلامی به این شرح است:
بسم‌الله الرّحمن الرّحیم
دانشمند برجسته و ممتاز هسته‌ای و دفاعی کشور جناب آقای محسن فخری‌زاده به دست مزدوران جنایتکار و شقاوت‌پیشه به شهادت رسید. این عنصر علمی کم‌نظیر جان عزیز و گرانبها را به‌خاطر تلاش‌های علمی بزرگ و ماندگار خود، در راه خدا مبذول داشت و مقام والای شهادت، پاداش الهی اوست. دو موضوع مهم را همه دست‌اندرکاران باید به جِدّ در دستور کار قرار دهند، نخست پیگیری این جنایت و مجازات قطعی عاملان و آمران آن و دیگر پیگیری تلاش علمی و فنی شهید در همه بخش‌هایی که وی بدان‌ها اشتغال داشت. اینجانب به خاندان مکرم او و به جامعه علمی کشور و به همکاران و شاگردان او در بخش‌های گوناگون، شهادت او را تبریک و فقدان او را تسلیت می‌گویم و علو درجات او را از خداوند مسألت می‌کنم.
سیدعلی خامنه‌ای
۸ آذر ۱۳۹۹
---
حسن روحانی رئیس جمهوری کشورمان تأکید کرد همه اتاق‌های فکر و دشمنان ایران بدانند ملت ایران و مسئولان شجاع‌تر و غیورتر از آن هستند که این اقدام جنایتکارانه را بی‌پاسخ بگذارند و مسئولان مربوطه به‌موقع و مناسب، پاسخ این جنایت را خواهند داد. البته برای آنها مهم است که از این چند هفته حداکثر استفاده را ببرند تا هم بتوانند شرایط نامطمئنی در منطقه به‌وجود آورند و هم توجهات جهانی از ترور و ارعابی که این روزها در مناطق اشغالی به‌وجود آورده بودند، به مشکلات و مسائل دیگر معطوف شود.
آیت‌الله سید ابراهیم رئیسی، رئیس قوه قضائیه با تأکید بر اینکه «تاوان سختی در انتظار این جنایتکاران است»، گفت: تاوان این جنایت‌ها، ازاله لکه نجس صهیونیستی از جغرافیای منطقه است که ان‌شاءالله بزودی اتفاق خواهد افتاد.
سخنـــــگوی مسئـــول سیـــاســـت خـــارجـــی اتحادیه اروپا روز شنبه با صدور بیانیه‌ای ترور شهید دکتر «محسن فخری زاده» دانشمند ممتاز هسته‌ای و صنعت دفاعی ایران را اقدامی جنایتکارانه خواند. در این بیانیه آمده است: «این یک اقدام جنایتکارانه و مغایر اصول احترام به حقوق بشر اتحادیه اروپاست. نماینده عالی مراتب تسلیت خود را به خانواده‌های قربانیان ابراز و برای بهبود آنهایی که مصدوم شده‌اند آرزوی بهبودی دارد. در این دوران پرابهام، بیش از هر زمان دیگری ضروری است که تمام طرف‌ها آرامش خود را حفظ و خویشتنداری کنند تا از تشدید اوضاع که به نفع هیچ‌کس نیست جلوگیری شود.»
آیت‌الله حسین نوری همدانی از مراجع تقلید در پیامی با تسلیت شـــهادت مـــحـــســـن فخری‌زاده از دانشمندان هسته‌ای کشور گفت: مسئولان با جدیت این موضوع را پیگیری و عاملان این جنایت را به سزای عمل خود برسانند و راه را برای کسانی که دل در گرو غرب دارند ببندند.
علی ربیعی، دستیار ارتباطات اجتماعی رئیس جمهوری و سخنگوی دولت با تسلیــــــت شهادت محســــــن فخری‌زاده دانشمند برجسته هسته‌ای و دفاعی کشورمان گفت: قطعاً متجاوز تنبیه خواهد شد، اما نه در زمین بازی که او تعریف کند.
سیدعباس صالحی، وزیر فرهنگ و ارشاد اسلامـــــی در پیامــــی ضــــمــــن تســــلیــــت شهــــادت مظلومــــانــــه محسن فــــخــــری‌زاده، گــــفت: شهادت مظلومانه ایشان، حادثه‌ای ناگوار و نشان روشن ناتوانی دشمنان نظام جمهوری اسلامی ایران است.
علیرضــــــا رئیســـی، سخنگوی ستاد مقابله با کرونا گفت: شهید محسن فخری‌زاده در ایام کرونا در زمینه تولید کیت، واکسن و تجهیزات پزشکی مقابله با کرونا بسیار فعال بودند و کار بسیار بزرگی به رهبری ایشان در حوزه واکسن کرونا در حال انجام بود.
زهرا نژاد بهرام، عضو هیأت رئیسه شورای شهر تهران از ارائه پیشنهاد نامگذاری معبری به‌نام شهید فخری‌زاده در جلسه آتی شورای شهر خبر داد.
امیر حاتمی وزیر دفاع در حاشیه دیدار با خانواده شهید محسن فخری زاده گفت: به حمدالله خانواده ایشان هم مثل خودشان فرهیخته و با روحیه بسیار بالا هستند و درخواستشان این بود که راه شهید عزیزمان را با قوت ادامه دهیم.
در پـــــــی ترور دانشــــــــــمند هستــــــــــه‌ای و دفاعی شهید محسن فخری‌زاده، طلاب و دانشجویان قمی با حضور در مقابل بیت رهبر کبیر انقلاب اسلامی با سر دادن شعارهای مرگ بر امریکا و اسرائیل این جنایت را محکوم کردند.
در پی شهادت مــــــــحــــــســــن فخـــــــری‌زاده، دانــــشمــــنــــد ارزشمند ایران اسلامی، شهرداری و شورای اسلامی شهر آبسرد میدان اصلی این شهر را به‌نام دانشمند شهید محسن فخری‌زاده تغییر نام دادند.
خبرگــــــزاری رویترز گزارش کرده که رژیم صهیونیستی تمامی سفارتخانه‌هایش در سراسر جهان را پس از ترور شهید محسن فخری‌زاده به حالت آماده‌باش درآورده است.
